Wilayah Kota Probolinggo dibentuk dari bahan induk batuan vulkanik dan zaman quarter muda (young quarternary volcanic product) dan batuan endapan (alluvium), dengan komposisi young quarternary volcanic sebesar 65,05% dari luas wilayah dan jenis batuan aluvium sebesar 34,95% yang tersebar di seluruh wilayah.
